Ngay trong năm 2010, khi có quyết định thành lập, quỹ sẽ được cấp 2.000 tỷ đồng để hoạt động. Đây là đơn vị sự nghiệp có thu với số biên chế ban đầu là 20 người, có thể thuê thêm người để phù hợp với nhu cầu công việc.

Quỹ sẽ có 3 phòng chuyên môn là phòng quản lý vốn, phòng quản lý đặt hàng, mua nhà, thanh toán tái định cư và phòng hành chính, kế hoạch, tổng hợp.

Nhiệm vụ của quỹ là phục vụ bồi thường, giải phóng mặt bằng, tạo quỹ đất phát triển kinh tế - xã hội theo quy hoạch và hỗ trợ thực hiện một số chính sách đối với các đối tượng bị thu hồi đất.